1998-1999赛季德甲联赛前9轮法兰克福队4胜5平保持不败，于毅继续高光表现4球4助攻成为球队的领军人物，然而法兰克福在10月份收到中国足协的钱后俱乐部主席无可奈何同意于毅去泰国参加亚运会，结果十月份少了于毅的法兰克福队好像少了主心骨一样，不会踢球了遇到了五连败。

1998年11月份至12月初于毅回归后球队又满血复活，15-20轮联赛法兰克福队2胜4平，于毅在6场比赛中虽没有进球但有4次助攻加上防守稳健，球队这6场比赛中一球不失，其中有两场分别和拜仁以及多特蒙德互交白卷逼平这两个强大对手。

从1998年12月中旬-1999年2月中旬德甲联赛进入冬歇期，期间于毅又回囯参加国家队的贺岁杯和泰王杯3月份的4场德甲联赛法兰克福队1平3负，而3场失利的比赛正好是于毅缺席的三场，进入4月份法兰克福面对波鸿等弱队法兰克福一波5连胜，而他回国代表国奥队比赛的5月份法兰克福又是5连败收关，法兰克福最终11胜10平13负积43分，排名联赛13名，值得注意的是于毅代表球队出场21场球队保持不败，于毅8球11助攻的表现成为球队得分王和助攻王是球队绝对的核心球员。

1999-2000赛季德甲联赛8月份法兰克福队4连胜，9月份于毅回国参加奥运会预选赛球队又回到上赛季的节奏5连败了，好在10月初至11月中旬8场比赛，于毅一回归球队马上迎来一波8连胜又保持不败了。

1999年11月中旬至2000年1月中旬又是2个月的冬歇期，这是德甲联赛的传统。

从2月至5月进行下半赛季德甲联赛，于毅因为在代表国奥队比赛时和裁判的冲突被国际足联从1月15日至5月15日禁赛4个月错过了16场德甲联赛，法兰克福16连败，可以说没有于毅的法兰克福完全不知道如何踢球了，球队患上了严重的于毅依赖症。

解禁复出后的于毅正好赶上了5月25日的最后一场比赛，球队12胜21负积36分排在联赛倒数第一，要想保级必须自己在最后一轮4球以上大胜科特布斯队，还要15至17名三个竞争对手不胜，难度非常的大。

然而于毅在这场比赛大爆发上演大4四和1次助攻，法兰克福队5：1大胜科特布斯队，正好竞争对手非平即负，这样一来球队13胜21负39分排15名惊险保级成功。

于毅出战13场比赛10球2助13战全胜，从1998年2月至2000年5月加盟法兰克福后2个半赛季为球队出战46场比赛表现突出23球16助攻，而他参加的46场比赛法兰克福29胜17平保持不败，可想而知法兰克福队患有多么严重的于毅依赖症。

于毅被主教练马加特叫到办公室，他心里想着一定是自己帮助球队保级成功了，教练要表扬自己和自己续约，他越想越高兴然而到了办公室让他感到意外的事情发生了：

“于，来了，坐下我们谈谈。”

“好的。”

“非常感谢你为球队做出的贡献。”

“马指导，这都是我做为球员应该做的，谢谢你对我的信任，让我成为球队队长，非常感谢。”