明朝对西藏僧俗首领采取定期、定员、定道、定制的进京朝贡模式。规定乌思藏贡使必须由拉萨、昌都、巴塘、理塘、雅州、邛州、成都的路线入贡。

西藏僧俗进京朝贡直到崇祯3年，历时200余年。元朝扶持的萨迦政权势力逐渐衰微，噶举派基本掌握西藏的政治大权。

嘉靖45年，辛厦巴建立藏巴王朝，定都日喀则。藏巴王朝是西藏历史上最后一个世俗贵族的统治政权。辛厦巴与噶举派联合，执行仇视格鲁派的政策。

万历46年，辛厦巴的第四任继承者彭措南嘉打败格鲁派势力组成的联军，攻占拉萨，统治全西藏，占领色拉寺和哲蚌寺。取缔达赖和班禅的封号，格鲁派僧侣被迫逃亡北方。

崇祯7年，格鲁派三个首领摄政者索南群培、四世班禅额尔德尼·罗桑却吉坚赞、五世达赖阿旺罗桑嘉措，受到藏巴王朝、西藏本教白利土司屯月多吉、青海却图汗等势力的威胁，共同请求敬奉格鲁派的固始汗出兵援救。

固始汗本名图鲁拜琥，生于万历10年。固始汗视之为摆脱困境的最佳时机，率军攻占青海、康巴藏区，灭却图汗、白利土司等部落。

崇祯15年，攻占藏巴王朝首都日喀则，杀死最后一代国王噶玛丹均，藏巴王朝灭亡。

格鲁派在固始汗的支持下取得了巨大胜利，在宗教势力上、经济实力上占据绝对优势。掌握西藏地方政权，建立了甘丹颇章政权。

固始汗对满清保持名义上的臣服，青藏高原名义上纳入满清版图。

固始汗将大部分区域的行政权力交给摄政者索南群培和五世达赖阿旺罗桑嘉措，部分区域交给四世班禅额尔德尼·罗桑却吉坚赞，使得摄政者索南群培和五世达赖确立了在藏区的领袖地位。

1645年，固始汗赠给四世班禅额尔德尼·罗桑却吉坚赞班禅博克多称号，确立了班禅活佛转世系统，成为西藏政治、宗教史上一件具有深远影响的大事。

固始汗改变了西藏的诸教派地位关系，重建布达拉宫、扩建大昭寺，独尊格鲁派，对此后的青藏高原历史影响深远。

明末时期，藏传佛教经过发展和传承，主要分成宁玛派、噶当派、萨迦派、噶举派、格鲁派五大教派。

宁玛派是藏传佛教最古老的一个派别，由于该教派僧人只戴红色僧帽，因而又被称为红教。

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宁玛派着名的寺庙有西藏的多吉扎寺、敏珠林寺，四川的噶托、竹庆、白玉、协庆等寺。